Teori asal organik minyak dan gasbumi boleh dikatakan diterima oleh kebanyakan oleh ahli geologi. Namun teori inipun belum memecahkan semua persoalan yg timbul, persoalan tersebut antara lain adalah mengenai sumber bahan organik : apakah berasal dari hewan atau berasal dari tumbuh-tumbuhan? Apakah berasal dari zat organik lautan atau juga yang bukan lautan? Juga belum jelas apakah zat organik ini terurai menjadi minyakbumi ataukah minyakbumi terbentuk dari sintesa hidrokarbon yang berada dari zat organik saja? Juga cara transformasi minyakbumi belum diketahui secara pasti. Masalah lain diantaranya adalah mengenai migrasi. Apakah minyakbumi dapat bermigrasi jarak jauh atau hanya jarak dekat saja, dan apakah minyakbumi terbentuk dalam batuan induk, dan kemudian bermigrasi kedalam batuan reservoir yang fasiesnya berlain-lain? Selain itu juga sebagaimana halnya dengan banyak teori geologi lainnya, maka teori organik harus didasarkan atas :
1. Percobaan dalam laboratorium yang mensintesakan minyakbumi dari zat organik.
2. Pemikiran geologi atas data yang terdapat diseluruh dunia mengenai beberapa faktor penyebab terdapatnya akumulasi minyakbumi.
Salah satu hal mengenai tidak dapat dipecahkannya persoalan diatas adalah tidak adanya stadium peralihan antara zat organik dengan minyakbumi. Lain halnya dengan batubara, dimana dari mulai kayu ke batubara terdapat zat-zat perantaranya.